知网查重论文修改的流程一般包括以下几个步骤：首先，上传待查重的论文至知网系统；系统进行查重分析，生成查重报告；根据查重报告中的重复部分，进行修改和改进；再次上传修改后的论文进行查重确认；最终完成查重修改流程。

在进行知网查重论文修改的过程中，需要特别注意的是：及时保存文稿的修改记录，以备查证；根据查重报告中的建议，有针对性地修改论文内容；保持文风统一，避免出现大段抄袭内容；最终确认修改后的论文与原文无重复部分，确保论文通过查重。