保密论文知网查重的原理主要是通过文本比对技术，将待查重的保密论文与知网数据库中的文献进行比对，找出相似度较高的部分。其核心算法包括词频统计、相似度计算等。通过这些算法，可以有效检测出保密论文中的抄袭部分，保障学术研究的真实性和原创性。

此外，保密论文知网查重还会考虑到文献的引用和参考部分，以及对格式要求的检测。只有在文献引用和格式符合规范的情况下，才能通过查重。通过保密论文知网查重，可以有效提高学术论文的质量，避免学术不端行为的发生，保障学术研究的正常进行。